ในระยะ เวลาเริ่มแรกของการก่อตั้งสถานศึกษาแห่งนี้ เดิมมีชื่อเรียกว่า สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัยในพระบรมราชูปถัมภ์ มีสำนักงานเลขาธิการ แบ่งเป็นกองกลางและกองคลัง โดยกองคลังทำหน้าที่ด้านงบประมาณ การเงินบัญชีและพัสดุ
ต่อมาในปี พ.ศ. 2540 รัฐบาลได้เสนอร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยต่อรัฐสภา เมื่อวันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ. 2540 จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้ตราเป็นพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราช วิทยาลัย ยกสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย ขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย มีฐานะเป็นนิติบุคคล อยู่ในกำกับดูแลของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ
ต่อมามหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ได้ประกาศข้อกำหนดมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยว่าด้วยการจัดตั้งส่วนงาน พ.ศ. 2541 เพื่อจัดระเบียบการบริหารงานให้ชัดเจนและเหมาะสม ได้ยกเลิกสำนักงานเลขาธิการ และจัดตั้งสำนักงานอธิการบดีขึ้น เมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2541 ให้แบ่งส่วนงานในสำนักงานอธิการบดีออกเป็น
1. กองกลาง
2. กองแผนงาน
3. กองบริการการศึกษา
4. กองพัฒนานักศึกษา
เมื่อ วันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2541 โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 115 วันที่ 27 ตุลาคม พ.ศ. 2541 และฝ่ายพัสดุได้ถูกจัดให้เป็นหน่วยงานในสักกัดกองกลาง ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
